Tvrda voda sadrži visoke koncentracije kalcija, magnezija i drugih mineralnih soli koje, kada se zagriju i ispare, mogu stvoriti naslage kamenca na površinama izmjenjivača topline kondenzatora hlađenog vodom. S vremenom ovaj kamenac djeluje kao izolacijska barijera između rashladne vode i metalnih površina kondenzatora, što smanjuje učinkovitost izmjene topline. Kako se kamenac zgušnjava, potrebno je više energije za postizanje istog učinka hlađenja, što dovodi do smanjene učinkovitosti sustava, većih operativnih troškova i povećanog trošenja sustava. Nakupljanje kamenca također može dovesti do smanjenog kapaciteta protoka unutar kondenzatora, što rezultira višim tlakovima i temperaturama. Za borbu protiv ovih učinaka, mnogi kondenzatori s vodenim hlađenjem koriste omekšivače vode koji uklanjaju ione kalcija i magnezija ili koriste kemikalije protiv kamenca kako bi spriječili stvaranje kamenca.

Kvaliteta vode s ekstremnim pH razinama (bilo previše kisela ili previše alkalna) može dovesti do korozije metalnih komponenti u vodom hlađeni kondenzator . Voda s niskim pH (kisela) može uzrokovati oksidaciju metalnih površina, što dovodi do hrđe i slabljenja strukturnog integriteta kondenzatora, dok voda s visokim pH (alkalna) može uzrokovati alkalnu koroziju, koja razgrađuje metalne površine. Prisutnost klorida, koji se često nalaze u morskoj vodi ili industrijskoj vodi za hlađenje, može ubrzati rupičastu koroziju, što dovodi do lokaliziranih oštećenja. Kako bi se spriječila korozija, vodu treba tretirati kako bi se održao optimalni raspon pH, obično između 7 i 8,5, što je idealno za sprječavanje i kisele i alkalne korozije. Inhibitori korozije, kao što su fosfati, spojevi cinka ili silikati, obično se koriste zajedno s redovitim testiranjem vode kako bi se osiguralo da je kvaliteta vode unutar prihvatljivih granica.

Izvori vode koji sadrže sedimente, prljavštinu ili druge čestice mogu dovesti do začepljenja i blokada unutar sustava cjevovoda i izmjenjivača topline kondenzatora hlađenog vodom. Te krute čestice mogu ometati protok vode, smanjujući njenu sposobnost odvođenja topline iz kondenzatora. Smanjeni protok povećava tlak unutar kondenzatora i smanjuje njegovu ukupnu učinkovitost hlađenja. S vremenom nakupljanje sedimenta može dovesti do abrazivnog trošenja unutarnjih komponenti, dodatno povećavajući potrebe za održavanjem i potencijal za kvar. Kako bi se ublažili ovi problemi, sustavi za filtriranje ili cjedila obično se postavljaju na ulazne točke vode kako bi se uhvatile velike čestice prije nego što uđu u kondenzator. Ovi su sustavi dizajnirani za uklanjanje pijeska, mulja i drugih suspendiranih krutih tvari koje bi mogle oštetiti unutarnje komponente ili smanjiti učinkovitost.

Do biološkog obraštanja dolazi kada se mikroorganizmi, poput bakterija, algi i gljivica, nakupljaju na površinama za izmjenu topline kondenzatora. Kada se ne kontroliraju, ti mikroorganizmi mogu stvoriti biofilm, koji djeluje kao izolacijski sloj koji značajno smanjuje prijenos topline. Biofilm također potiče koroziju i začepljenje, dodatno smanjujući učinkovitost sustava. Bioobraštaj je češći u sustavima koji koriste površinske vode (rijeke, jezera ili morska voda) koji imaju više razine organskog materijala. Rast algi posebno je problematičan jer može blokirati protok vode i dovesti do povećane potrošnje energije jer sustav kompenzira smanjenu učinkovitost prijenosa topline. Za suzbijanje bioobraštaja, sustavi za obradu vode često uključuju kemijske biocide (kao što su spojevi na bazi klora, broma ili bakra) koji ubijaju mikroorganizme prije nego što uspostave biofilm. Tretman ultraljubičastim (UV) svjetlom još je jedna ekološki prihvatljiva opcija za sprječavanje rasta mikroba.