Sustav toplinske pumpe s izvorom vode razlikuje se od sustava toplinske pumpe s izvorom tla po tome što je otvoreni ciklus koji koristi vodu iz bunara za grijanje ili hlađenje vašeg doma. Ljeti će toplinu vašeg doma odvoditi u vodu, a zimi će toplinu iz vode prenositi u vaš dom.

U posljednjih nekoliko godina petlje sustava toplinske pumpe s otvorenim izvorom vode bile su uobičajene, no nakon razdoblja rada sada dominira petlja sustava toplinske pumpe sa zatvorenim izvorom vode. To je djelomično zbog značajnih poboljšanja u tehnologiji sustava toplinske pumpe s izvorom tla, dijelom zbog ekoloških i geoloških problema povezanih s pretjeranom upotrebom toplinskih pumpi s izvorom vode u nekim područjima. Do sada je sustav toplinske pumpe s izvorom vode još uvijek dobar izbor ako prođete EIA i dobijete vodnu dozvolu.

S vremenom je potrebno očistiti izmjenjivač topline sustava toplinske pumpe izvora vode, ali to će povećati troškove kasnije upotrebe. Učestalost potrebnog čišćenja će odrediti jesu li takvi bunari dostupni. U većini slučajeva, najbolje je koristiti zatvorenu petlju toplinske crpke izvora vode kako bi se smanjile neugodnosti čišćenja petlje toplinske crpke izvora.

Cijena crpljenja bušotine također utječe na dostupnost sustava toplinske pumpe izvora vode. Glavni trošak crpljenja bunarske vode je da se bunarska voda podiže u glavnu strojarnicu pod djelovanjem pumpe za vodu. U ovom trenutku postoji zahtjev za snagom pumpe. Ako je voda u bunaru duboka, a udaljenost velika, snaga pumpe je veća; inače, što je manji protok. Osim snage pumpe, postoji i cijena pumpe. Stabilna i učinkovita pumpa također će koštati puno.